Миколаївський національний аграрний університет є членом таких престижних міжнародних освітніх та наукових організацій:
- Співдружність університетів Magna Charta (некомерційна організація, створена Університетом Болоньї та Європейською асоціацією університетів (EUA). Мета – підтримувати і пропагувати основні університетські цінності та права, закріплених у Великій Хартії університетів, та розвивати Єдиний європейський простір в царині освіти та науки);
- Асоціація членства Інституту міжнародної освіти (до неї входять понад 850 вищих навчальних закладів у всьому світі, є першою глобальною професійною асоціацією високопоставлених політиків, адміністраторів та дослідників міжнародної освіти);
- Американська Рада з Міжнародної Освіти (це єдина організація, яка представляє ректорів усіх типів приватних і державних університетів США, а також некомерційних та комерційних коледжів. Це дозволяє ACE виступати в якості об´єднуючого фактору для вищої освіти не лише США, а й всього світу).
МНАУ успішно взаємодіє з такими авторитетними міжнародними організаціями, як:
- Британська Рада в Україні;
- Німецька служба академічних обмінів (DAAD);
- Рада міжнародних наукових досліджень та обмінів (IREX);
- Фонди ім. сенаторів Фулбрайта та Гамфрі, (Fulbright&Humphrey Foundation);
- Австрійська служба академічних обмінів (OAD);
- Корпус Миру США;
- Корейське товариство міжнародного співробітництва;
- Федерація обмінів Франція-Україна та ін.
Участь у складі таких престижних асоціацій відкриває перед ученими, педагогами і студентами широкі можливості співробітництва і взаємодії. Нові ресурсні й інформаційні центри дозволять збільшити обсяги обміну студентами, викладачами, якісно поліпшити співробітництво з провідними вищими навчальними закладами світу щодо спільних наукових розробок, реалізації загальних проектів.